Hej!
Det är ju svårt att veta exakt vad det beror på när man inte varit på plats och kanske inte annars heller.

Mina ankor har varit duktiga på att själva plocka bort obefruktade ägg på precis det sätt du beskriver. Dom knackade äggen och åt upp innehållet. När jag först upptäkte vad dom gjorde så blev jag förskräckt eftersom jag trodde dom åt upp "riktiga" ägg. Men sen kollade jag dom noga under några dagar och märkte att om nåt ägg började mörkna pga att det började ruttna (eller vad det nu gjorde) så åt dom upp dom.
Du skrev att du flyttade boet. Det har jag aldrig fått att fungera när det gäller ankor utan då har dom lämnat äggen med en gång. Jag har iofs bara haft vanliga ankor och du har myskor och dom kanske går lättare att flytta på, det vet jag inte. Sen verkar det som att du har haft flera honor som ruvat, har dom då ruvat på samma hög?
När det gäller höns har jag erfarenhet av att några ägg lätt hamnar utanför om flera ruvar hönor tillsammans och om äggen hamnar i kylan en längre tid så dör ju fostren. Det leder till att äggen ruttnar och om nåt ägg börjar ruttna kan hela högen börja ruttna.
Kan ankorna ha badat för ofta så äggen blivit för blöta och fostren dött därför?
Vad är det för utrymme du har dina ankor i? Är det ett isolerat hus eller inte? Kan det vara så att äggen blir för kalla av att ligga på ett kallt golv och det är därför det blir fel eller blir ankorna störda av något?

Det verkar ha hänt nåt som inte skulle eftersom ni bara hittade små foster i mignonäggen som borde ha varit fullgångna. Och det jag först tänker på då är att det varit för kallt för dom.
Det skulle ju kunna bero på nån sjukdom som leder till dödlighet i fosterstadiet också men det är ju inte särskilt vanligt och det verkar ju skumt om ankor från båda raserna fått den. Såna sjukdomar brukar vara ärftliga.

Hoppas det går bättre nästa gång.

/Tedarix