Magnetronen matas med likström från ugnens nätdel, och effektfaktor är ju någonting som bara förekommer i växelströmssammanhang. Det är den enkla konstruktionen hos transformatornätdelarna som är orsaken till den låga effektfaktorn - dels att man halvvågslikriktar högspänningen till magnetronen, så att den bara drar ström ur transformatorn under halva 50 Hz-perioden i nätspänningen, och dels att transformatorn är byggd med hög läckinduktans för att hålla ner kortslutningsströmmen så att inte magnetronen skadas för mycket om det råkar bli överslag i den. Den höga läckinduktansen gör att den ström ugnen drar från elnätet inte ligger i fas med spänningen utan så att säga släpar efter, det bidrar också till att sänka effektfaktorn.
Switchade nätdelar är däremot med modern teknik lätta att göra så att de varken sprider övertoner på elnätet eller har olämpligt fasläge på strömmen.
Åtminstone i Panasonics mikrovågsugnar med switchad nätdel används en speciell typ av magnetron, som på något sätt skiljer sig från magnetronerna i transformatorugnar. Jag vet dock inte vad som skiljer mellan dem tekniskt sett.